第三部的剧情是：

经过一番折腾，还珠格格终于让芙蓉和碧痕重新回到了仙界，但是仙界的秩序却受到了破坏，原来是芙蓉和碧痕的父亲——仙界的守护神紫薇大帝，因为被妖精抓走而失去了记忆，变成了一个普通的人类，而仙界的秩序也因此受到了破坏。

为了拯救仙界，还珠格格和芙蓉、碧痕等人一起前往人间，寻找紫薇大帝，并帮助他恢复记忆。在一番艰辛的搜寻之后，他们终于找到了紫薇大帝，并帮助他恢复了记忆。

最终，还珠格格和众人成功拯救了仙界，紫薇大帝也重新回到了仙界，仙界的秩序也恢复了正常。芙蓉和碧痕也重新回到了仙界，并与还珠格格一起回到了人间，继续了他们的生活。